Philosophie de la systématique
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Table des matières
Introduction. La philosophie de la systématique, par Pierre Deleporte & Guillaume Lecointre ……………………………… 9
Des racines de positivisme logique dans la philosophie empiriocritique de Willi Hennig, par Olivier Rieppel ………………………………………………………………… 17
Introduction
Le paysage dans lequel Hennig est né
Introduction à la philosophie de Hennig
Le positivisme logique et l’empirisme dans la systématique phylogénétique de Hennig
Données sensorielles – les « données »
La logique de la proposition à trois taxons
La « règle de déviation » de Hennig
Perspectives
Les classifications pré-évolutionnistes et la classification phylogénétique, par Hervé Le Guyader …………………………………………………………… 39
Introduction
Les systèmes
Les méthodes et la classification naturelle
Le début de la pensée hiérarchique
Vers l’homologie et la descendance avec modification
Conclusion
La distinction entre « patterns » et « processes » est-elle désuète en systématique ?, par Armand de Ricqlès …………………………………………………………… 53
Pattern et processes : introduction
Confrontation avec quelques autres « couples célèbres »
Bref aperçu historique
Patterns ou processes : un jeu de relations dépendant du niveau hiérarchique ? L’exemple des hétérochronies
Conclusions
Taxons, classifications : de la théorie au cahier des charges, par Pierre Deleporte ……………………………………………………………… 67
Introduction
Quelques définitions
Qu’est-ce qu’une classe ?
Qu’est-ce qu’une classe « naturelle » ?
Qu’est-ce qu’une classification « naturelle » ?
Les taxons comme classes (ou « kinds »)
Les classifications comme concepts
Classifications : quel sens, quels usages.
Définir le cahier des charges
La classification unique : un héritage pesant ?
Conclusion
L’arbre, le réseau et les espèces. Une définition du concept d’espèce ancrée dans la théorie de l’évolution, par Sarah Samadi & Anouk Barberousse …………………………………… 85
Introduction
Définir l’espèce : aspects ontologiques
Définir l’espèce : aspects épistémologiques
Conclusion
Fait et théorie : quelles connaissances de base pour la cladistique structurale ?, par Pascal Tassy …………………………………………………………………… 99
Introduction
Bref historique
Quelques définitions
Le débat
Connaissance de base
Caractères moléculaires et connaissance de base « locale »
Arbre et connaissance de base « locale »
Conclusion
Systématique phylogénétique et sens de l’histoire, par Anouk Barberousse ………………………………………………………… 119
Tâches des disciplines scientifiques
La place des lois
Une comparaison avec l’histoire humaine
Arguments à l’œuvre dans l’activité scientifique
Types d’arguments
Arguments inductifs et abductifs
Raisonnements et arguments
Les arguments utilisés dans les sciences empiriques
La « nouvelle énigme de l’induction »
Des sciences empiriques strictement déductives ?
Fondements théoriques des prédicats empiriques
Théories, modèles et méthodes
Cohérence conceptuelle
Principes méthodologiques et principes théoriques
Modèles
Application à la systématique phylogénétique
Les bases philosophiques de l’inférence phylogénétique : une vue d’ensemble, par Kirk Fitzhugh ………………………………………………………………… 133
Introduction
Une taxonomie de l’inférence
Les relations entre abduction, déduction et induction
Abduction
Déduction
Induction
Le concept « d’évidence » en abduction, déduction et induction
La structure inférentielle formelle de l’inférence phylogénétique
Les bases de l’inférence phylogénétique
Les inférences abductives répondent aux questions causales
L’inférence de tests phylogénétiques
Tester une hypothèse phylogénétique
Conclusions
Corroboration : comment la philosophie de Popper fournit un cadre constructif pour la systématique, par Dan P. Faith ………………………………………………………………… 171
Introduction
Exemples de corroboration
Corroboration et systématique
Perspectives
Les préoccupations de Rieppel à propos des caractères et de « l’évidence totale »
Fitzhugh et les éléments probants « spécifiques »
Quels sont les obstacles à la réconciliation des différentes perspectives philosophiques ?
Le cohérentisme en systématique, par Olivier Rieppel ……………………………………………………………… 185
Introduction
La théorie cohérentiste de la vérité
Redresser le langage : congruence et cohérence
Qu’est-ce que « l’évidence totale » ?
La « méthode scientifique » et la signification de « tester »
La partition conditionnelle des jeux de données et l’exclusion des caractères interdépendants hors de l’analyse
Conclusions