Introduction aux méthodes comparatives phylogénétiques

Table des matières

Avant-propos, par Paul Zaharias & Malcolm T. Sanders …………… 7

De la méthode comparative à la méthode comparative évolutive, par Serge Morand ……………………………… 9

1] Méthodes expérimentales et méthodes comparatives

2] Relier « pattern and process »

3] Évolution convergente et la méthode comparative évolutive

4] Principe de parcimonie et principe de cause commune

5] La méthode comparative évolutive

6] Retour vers l’anatomie comparative : l’évo-dévo

7] Vers une écologie et anthropologie évolutives

Introduction générale aux méthodes comparatives phylogénétiques, par Yves Desdevises ……………… 23

1] Principaux types de méthodes comparatives

1.1] Modèles

1.2] Signal phylogénétique

1.3] Méthodes comparatives

2] Le futur

Introduction pratique aux modèles linéaires phylogénétiques, par Lucas J. Legendre ………………… 43

1] Matériel et méthodes

2] Modèle linéaire et PCM

3] Les modèles et tests effectués sur notre jeu de données

4] Résultats et discussion

5] Conclusion

Signal phylogénétique, par Jorge Cubo ………………………………… 59

Diversification, innovation clé et caractères d’intérêt : l’exemple du rôle de l’eusocialité sur la diversification

des termites (Insectes : Dictyoptères),

par Frédéric Legendre & Fabien L. Condamine ……………………… 69

1] Introduction

1.1] Dynamique de diversification et approches phylogénétiques

1.2] Eusocialité et dynamique de diversification

2] Matériels et méthodes

2.1] Arbre phylogénétique

2.2] Caractères d’intérêt et analyses de diversification caractère-dépendantes

2.3] Analyses de diversification « temps- et clade-dépendante »

3] Résultats et discussion

3.1] Dynamique de diversification

3.2] Caractères d’intérêt et échantillonnage

APE, logiciel pour la phylogénétique et l’évolution :

passé, présent et avenir, par Emmanuel Paradis …………………… 85

1] Historique

2] Utilisations de APE

3] APE en pratique

4] Perspectives